Koreňové čistiarne sú klasifikované do dvoch hlavných typov: systémy s povrchovým prietokom a systémy s podzemným prietokom. V systémoch s povrchovým prietokom voda prechádza nad vrstvou filtračných médií a rastlín, zatiaľ čo v systémoch s podzemným prietokom voda prúdi cez vrstvu štrku a piesku pod povrchom. Každý typ má svoje výhody a nevýhody, pričom výber závisí od konkrétnych podmienok, ako sú dostupnosť priestoru, typ odpadových vôd a klimatické faktory.

Koreňové čistiarne majú niekoľko výhod. Predovšetkým sú ekologické a udržateľné, pretože využívajú prírodné procesy a nevyžadujú chemické prísady na úpravu vody. Tieto systémy sú tiež veľmi účinné pri odstraňovaní živín, ako je dusík a fosfor, ktoré sú často príčinou eutrofizácie vodných tokov. Okrem toho, koreňové čistiarne majú nízke prevádzkové a údržbové náklady, ako aj dlhú životnosť.

Implementácia koreňových čistiarní je možná v rôznych Kontextoch – od individuálnych domácností po väčšie komunity a priemyselné prevádzky. Tieto systémy môžu byť tiež využité na čistenie dažďovej vody alebo ako zariadenia na zadržiavanie vody v krajinnom plánovaní. Okrem ich čistiacej kapacity môžu koreňové čistiarne prispieť aj k zvýšeniu biodiverzity v oblasti, kde sú umiestnené, čím poskytujú životný priestor pre rôzne druhy rastlín a živočíchov.

Rôzne typy koreňových čistiarní majú rôzne plošné nároky na svoje fungovanie aby pri tom zostali zachované vysoké požiadavky kvality odtokových parametrov. V zásade platí, že pasívne typy čistiarní fungujúce úplne bez elektrickej energie majú na svoje fungovanie väčšie plošné nároky ako tie ktoré na svoje fungovanie potrebujú istú dávku elektriny.